At sertifisert tømmer er mulig å spore gjennom handelsledd tilbake til skogen er en viktig del av både FSC- og PEFC-ordningene. Sporbarhetssertifisering betyr at den sertifiserte bedriften som produserer og selger trevarer, papir eller andre skogbaserte produkt, kan dokumentere hvor tømmeret som brukes i produksjonen stammer fra.
Omsetningsledd som kjøper tømmer fra andre enn direkte fra skogeier, må ha sporbarhetssertifikat. Standardene for sporbarhet innenfor FSC og PEFC gir bl.a. kriterier for hva slags skogsvirke som ikke kan omsettes som sertifisert, men kun som kontrollert (FSC Controlled Wood og PEFC Controlled Source), og hva slags virke som absolutt ikke skal ut i markedet. Sertifikatholderne må føre regnskap som viser samsvar i kvantum og sortiment mellom innkjøpt og videresolgt skogsvirke. Alternativt må omsetningsleddene ha et system for fysisk adskillelse av sortiment.